A Política de Inovação do Agro Catarinense visa estimular a geração de soluções inovadoras para a SAR, suas vinculadas EPAGRI, CIDASC e CEASA e para o desenvolvimento rural e a pesca catarinense, por meio da execução de programas e projetos de pesquisa, desenvolvimento e inovação (P,D&I) e de serviços, e o estímulo às parcerias com órgãos governamentais estaduais, federais e municipais e com empresas.